Ⅰ 基因测序是怎么判断病毒或者细菌来源的
目前以新冠病毒来解释，首先病毒的体外活性，其实他与病毒的种类和体外环境因素有关。病毒的起源似乎并不一定与其体外失活有关。由于病毒不能形成化石，其复制机制复杂，因此研究病毒的起源非常困难。事实上，它们可以感染几乎所有的生物，这使得问题更加复杂。
这些新的病毒可能起源于几百万年前的昆虫，而且他们感染其他物种的能力已经在进化过程中的某个时刻得到发展可能就是这些物种与昆虫相互作用或以昆虫为食，尽管病毒他们是具很有，或许有许多共同的特征和复制和传播其基因组的特殊能力，但是因为大多数病毒的起源可能永远不会被揭示。
关于以上的问题今天就讲解到这里，如果各位朋友们有其他不同的想法跟看法，可以在下面的评论区分享你们个人看法，喜欢我的话可以关注一下，最后祝你们事事顺心。
Ⅱ 多药耐药基因多态性dna测序多少钱
你检测的是什么耐药，稿瞎病毒？一般几百块就可以了，如果是肿瘤耐药的话就要一核陆千多两千或键氏空者是基因套餐的话就要几千了
Ⅲ 三份猴痘病毒最新基因测序结果公布，其中哪些信息值得关注
来自葡萄牙、比利时、美国的三个研究小组分别公布在全球多地暴发的猴痘（Monkeypox）疫情中感染者所乱旦携带病毒基因组序列的初步结果。
猴痘病毒最新基因测序结果公布，哪些信息值得关注
感染猴痘的人通常在感染后7到14天开始出现症状，病哗判扰情通常会持续几个星期。世界卫生组织和美国疾病控制与预防中心都宣称，“尽管大多数人能从病毒中康复，但在某些情况下，它可能是危险的，甚至可以致命。”
现在已经得到充分研究的新冠病毒，也很难将特定的突变与病毒传播能力等方面的变化联系起来。猴痘病毒有一个庞大的基因组——大约有20万个碱基对，而冠状病毒只有3万个碱基对——目前科学家们并没有那么深入的研究。
Ⅳ 山东北京天津等地是同一毒株吗
媒体：北京、天津、河北病例均为同一病毒序列，同属欧洲家系
澎湃新闻 11-12 14:58
@健康时报 11月11日消息，11月8日，天津市疾控中心对本市第138例本土确诊病例，进行了新冠病毒全基因组高通量测序和序列分析。测序分析结果显示：与北美3至6
@健康时报 11月11日消息，11月8日，天津市疾控中心对本市第138例本土确诊病例，进行了新冠病毒全基因组高通量测序和序列分析。测序分析结果显示：与北美3至6月份流行毒株高度近似，属于L基因型欧洲家系分支II。
11月10日，天津市疾病预防控制中心对本市第93例（搬运工王某某）新冠肺炎无症状感染者的呼吸道标本，进行新冠病毒全基因组高通量测序和序列比对。11日测序分析结果显示：属于L基因型欧洲家系分支I。
健康时报记者梳理发现，从北京新发地疫情到此前6月份天津的第137例病例，再到河北6月份新冠病例，再到本次天津新发本肢凳土病例，病毒测序结果均为同一病毒序列，同属欧洲家系！
北京疫情新冠病毒为“L基因型欧洲家系”
6月11日北京出现新发地疫情，截至7月5日，共有确诊病例335例。
6月18日中国疾控历悔旅中心就已通过“新型冠状病毒国家科技资源服务系统”正式发布2020年6月北京新发地新冠疫情及病毒基因组序列数据。三条数据来自北京市确诊病例基因组序列数据NMDC60013902-01、NMDC60013903-02以及环境样本基因组序列数据NMDC60013903-03。
6月26日，中国疾病预防控制中心官网发布的《2020年6月北京新型冠状病毒肺炎疫情进展》称，北京本次疫情流行的新冠病毒为“L基因型欧洲家系分支Ⅰ”。
此前，北京市疾病预防控制中心、中国医学科学院病原生物学研究所、中国科学院北京基因组研究所、清华大学、北京大学的研究人员在《国家科学评论》（National Science Review）上发表题为“北京新冠肺炎疫情再现可能源于冷链食品污染”的研究论文。对今年6月北京疫情相关病例、环境与食品等样品的核酸测序和病毒基因组序列分析，与新冠病毒基因序列数据库比对，发现除C6026T之外，具有其它7个突变位点的病毒主要存在于欧洲。
天津6月第137例病例与北京新发地病毒序列完全相同
6月17日,天津市新增前锋1例本土新冠肺炎确诊病例，为天津的第137例确诊患者。但奇怪的是，患者未出天津，未接触确诊者，无疑似病例和确诊病例接触史。
6月21日，天津市疾控中心对天津第137例确诊病例呼吸道标本的新冠病毒全基因组高通量测序和序列分析，中国疾控中心复核，确认与北京新发地市场相关病例的病毒序列完全相同，属于L基因型欧洲家系分支Ⅰ。
河北6月新发病例与北京病例样本的全基因组序列100%相同
6月15日，河北省新增报告新型冠状病毒肺炎确诊病例4例。健康时报记者梳理河北省卫健委官网相关信息发现，6月河北疫情雄安新区共确诊新发地相关确诊病例累计13例，无症状感染者累计6例。
7月10日，中国疾控中心公布了“2020年6月至7月北京新型冠状病毒肺炎疫情进展（二）”，其中指出，河北、天津市的确诊病例样本新冠病毒全基因组高通量序列与北京病例样本的全基因组序列100%相同，同样存在相应的变异位点，同属于新型冠状病毒L基因型欧洲家系分支Ⅰ。
11月天津第138例病例，也为L基因型欧洲家系分支
11月8日,天津通报，11月7日天津新增本地确诊病例1例，系天津海联冷冻食品有限公司装卸工人，为天津市的第138例本土确诊病例。10日，天津再公布1例无症状患者，为滨海新区东疆港一名冷链搬运工，王某某，男，48岁，系天津在全市冷链从业人员和冷冻货品核酸检测“两个全覆盖”排查中发现，为天津第93例无症状感染者。
随后，天津市疾控中心对本市第138例本土确诊病例呼吸道标本和相关冷库环境涂抹样本，并进行了新冠病毒全基因组高通量测序和序列分析。11月9日测序分析结果显示：与北美3至6月份流行毒株高度近似，属于L基因型欧洲家系分支II。
11月10日，天津市疾病预防控制中心对本市第93例（搬运工王某某）新冠肺炎无症状感染者的呼吸道标本，进行新冠病毒全基因组高通量测序和序列比对。11日测序分析结果显示：属于L基因型欧洲家系分支I。
专家：说明都是国外输入
这几次国内新冠病毒毒株为何均为“L基因型欧洲家系”？
中国疾控中心副研究员张宇告诉健康时报记者，目前国外疫情处于高位也比较普遍，“L基因型欧洲家系分支I”和“L基因型欧洲家系分支II”在多个国家可能都有存在。国内多次疫情同一病毒序列均为欧洲家系，说明近期国内发生的疫情都是源于国外输入。但有由于病毒传播的复杂性，再加上流行病学调查溯源工作难度大，因此并不能完全判断新冠病毒来自同一区域或某几个国家。
根据梳理目前新冠毒株基因序列测序结果来看，国外的新冠疫情现在仍处于高位，国内的新冠防疫压力仍然很重，目前的工作重点仍然是外防输入、内防反弹。一方面要关注境外输入病例的闭环管理，防止发生境外输入病例关联本土病例。另一方面，做好进口冷链外包装的检查工作，做好进口冷链相关人员的防护工作，防止由物传人的情况发生。
（原题为：《天津、河北与北京新冠病例均为同一病毒序列，同属欧洲家系》）
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Ⅳ 做多位点序列分型基因测序多少钱
多位点序列分型（multilocus sequence typing,MLST）是一种基于核酸序列测定的细菌分型方睁昌法。这种方法通过PCR扩增多个管家基因内部片段并测定其序列，分析菌株的变异。MLST操作简毁早并单,结果能快速得到并且便于不同实验室的比较，已经用于多种细菌的流行病学监测和进化研究。随着测纤迹序速度的加快和成本的降低，以及分析软件的发展，MLST逐渐成为细菌的常规分型方法。
Ⅵ 做一次病毒核酸检测要经历什么过程需要多少费用
说到核酸检测的费用，应该是许多人关心的问题。特别是前段时间有新闻报道说美国做一次新冠肺炎核酸检测，扣了保险之外，个人还需要支付1600美元。看到这个新闻，无疑惊呆了许多小伙伴，核酸检测真的那么贵吗？那么在我们中国做一次新冠肺炎核酸检测要多少钱呢？针对核酸检测的问题，下面我们就一起来说说。
一、我国做一次核酸检测需要多少费用？
★第三方检测机构：全省新冠肺炎核酸定点检测的第三方检测机构开展新冠肺炎核酸检测收费标准按不高于 160 元/人次执行(包括试剂、耗材等所有费用)，鼓励进一步降低检测价格。
从湖南省的新冠肺炎核酸检测价格标准来看，如果是在公立医疗机构检测，虽然收费40元/人次，但是最终还是可以医保报销，从而实现个人免费。而如果是去第三方检测，那么最高的收费标准不高于160元/人次。
广东省核酸检测费用
广东对于新冠肺炎核酸检测费用所执行的标准就比湖南好多了。在2月28日，广东省政府新闻办举行第34场疫情防控新闻发布会上，广东将新冠肺炎筛查对象在发热门诊的核酸检测、肺部CT检查纳入特殊医疗保障的范围，实现新冠肺炎核酸检测、CT筛查零收费。即使是在第三方检测，比如广州金域医学检验中心、广州达安临床检验中心、广州华银医学检验中心等，检测费用也不需要患者承担，全部由政府兜底。
而广东的深圳也根据广东省的执行标准，并出台了深圳市《关于加大力度做好新冠肺炎疫情医疗保障工作的通知》，里面第三条指出：疫情期间，对新冠肺炎筛查对象在发热门诊发生的门诊筛查费用（包括但不限于胸部CT、核酸检测等），按规定全部临时纳入医保基金支付范围。另外，深圳对于一些在家自我隔离的人员，检测病毒核酸也是免费的。
也就是说，在广东省，疫情期间只要你是新冠肺炎筛查对象，在发热门诊做新冠肺炎核酸检测、胸部CT筛查等，产生的费用都是零收费。
二、上面说了新冠肺炎核酸检测费用，下面我们就来说一下做一次核酸检测需要经历哪些过程
本次的核酸检测一般都是在检验科的分子生物遗传室检测，而作为检验科的一员，对于核酸检测最熟悉不过了。除了前期的采样不在检验科之外，其他的病毒灭活、核酸提取、基因扩增等都在实验室里进行。下面我们就这几个过程来简单的介绍一下，我会尽量说的通俗易懂点，让大家都比较容易理解。
●第一步：咽拭子采样
本次的新冠肺炎核酸检测，第一步就是对患者进行咽拭子采样。这主要是疾控中心的人员或者发热门诊的工作人员进行采样，只需要患者要将口罩摘下来，然后张嘴发出“啊”的声音，使整个沿后壁暴露出来。之后采样人员再将采样棒伸到病人的咽后壁，涂擦取样，最后将样本放入试剂管里密封，这样就完成采样。
在采样的时候患者会有一种呕吐感，毕竟采样都时候是在咽后壁，会产生一定的刺激。而且取完之后还会有一段时间有点异物感，毕竟采样泵在咽后壁周围来回涂擦，不过呢这些都是正常的。
采样其实是非常重要的，这关乎到检测结果的准确性，如果采样不合格的话，没有涂抹到病毒的话，那么就会影响到结果的检测。另外，采样时也是比较危险的，毕竟在采样时面对患者，如果是确诊患者那么就是直接面对病毒了。所以采样人员斗是全部武装，从头到脚都要包得严严实实，就是做好防护。
当采样完成之后，就有专门的人员通过样本交接专用通道，将刚刚采集到的咽拭子标本与检验室的检验人员进行样本交接。
●第二步：病毒灭活
（放入56℃的水浴箱30分钟灭活）
当采集好的咽拭子标本送到检验科之后，检验科的工作人员就会对样本进行灭活处理。
为什么要进行病毒灭活处理呢？因为这是核酸提取的第一步。我们将样本放入水浴箱内，进行一个56度30分钟的杀毒操作。
为什么要经过56度30分钟的杀毒操作呢？这是因为病毒在经过56度30分钟的水浴处理后，就可以将病毒灭活，可以在不影响检测结果的情况下，确保检测人员安全，这样操作人员感染风险就会大大降低。
另外，当样本经过30分钟灭活之后，还需要常温静置20分钟，这样可以防止高温开盖从而导致的气溶胶污染。
●第三步：核酸提取
经过病毒灭活之后就到核酸提取的步骤，这个操作是非常危险的，必须在生物安全柜中进行操作，因为这是离病毒最近，也是感染风险最大的地方。在安全柜内打开样本盖子提取核酸时，需要非常小心的打开盖子，因为一不小心就可能形成气溶胶，不仅会污染安全柜，而且也可能让其他样本交叉感染，形成“假阳性”。
所谓的核酸提取就是将样本中的病毒 RNA，也就是核酸，提取出来。但是因为 RNA 结构不稳定，需要先把它转化成 DNA。这个过程就汲及到PCR反应，就是通过变性、退火、延伸等步骤，通过逆转录的过程，将RNA两条链分开，使病毒信息传递到DNA 单链上，这样就可以将病毒的核酸提取出来了。
●第四步：基因扩增
核酸提取出来后，数量是很少的，机器根本就探测不到。这个时候就需要以提取出来的病毒核酸作为模板，让 DNA 不断自我复制，而经过20～30次的复制后，模板DNA的含量就可以扩大到100万倍以上。这样经过扩增之后，如果存在有新型冠状病毒核酸的话，那么就可以检测出来。就像我们微生物室检查是否有细菌感染的时候，就需要将细菌进行培养，之后才能进行鉴定和药敏试验。这都是同一个道理，就是数目要足够多才能检测出来。
总的来说，整个核酸检测的核心就是让 DNA 不断自我复制，并且积累荧光信号，这样到最后才能被仪器检测出来，从而进行判读。
在理想情况下，病人样本中如果有新冠病毒，循环数和荧光量之间就会形成 S 形曲线，即可判断核酸检测阳性。如果没有或有少量新冠病毒，那么就没有类似曲线，即可判断核酸检测为阴性。
总之，实验室的核酸检测这一整个过程，从样本灭活、核酸提取、基因扩增、结果分析，到最终出报告，大概要持续6个小时。如果检测结果为“阳性”，还需要再做一次进行复核。所以说，一份新冠核酸阳性报告出炉，至少需要12小时。
三、题后话：
以上就是关于核酸检测的费用以及做一次核酸检测要经历哪些过程的讲解。通过我以上的讲解，我相信大家都有了一个大致的了解。希望我的回答能让大家满意。
Ⅶ 5000多种新病毒在海洋中被发现
5000多种新病毒在海洋中被发现
5000多种新病毒在海洋中被发现，这些新病毒不仅有历段助于科学家更好地了解RNA病毒的进化历史，还有助于了解地球上早期生命的进化。5000多种新病毒在海洋中被发现。
5000多种新病毒在海洋中被发现1
根据一项新的研究，国际科学家团队在世界海洋中发现了5000多种新病毒。科学家肢游誉们分析了全球数万个水样，寻找RNA病毒，或以RNA为遗传物质的病毒。
科学家们表示，与DNA病毒相比，RNA病毒的研究还不够多，而DNA病毒使用DNA作为其遗传物质。新发现的病毒的多样性类别太大了，以至于科学家们建议将RNA病毒分类所需的分类群数量增加一倍，从现有的5门增加到10门。
该研究的主要作者、美国俄亥俄州立大学微生物学教授在一份声明中说：“这里有磨态太多新的多样性，我们发现了整个门——Taraviricota——在海洋中被发现，这表明它们在生态上很重要。”这位科学家表示，对RNA病毒的研究通常集中在那些引起疾病的病毒上，但这些只是地球上RNA病毒的一小部分。
科学家们在声明中说：“我们希望在非常大的范围内系统地研究它们，并探索一个没有人深入研究过的环境。”团队科学家分析了世界五大洋121个地点的35000个水样，团队科学还检测了从浮游生物中提取的基因序列，浮游生物是RNA病毒的常见宿主。他们通过寻找一种名为RdRp的古老基因来定位属于RNA病毒的序列，这种基因在几乎所有RNA病毒中都存在。
RdRp基因有几十亿年的历史，并且已经进化了很多次。由于该基因的进化可以追溯到很久以前，科学家们很难确定序列之间的进化关系，因此，研究人员使用机器学习来帮助组织它们。
了解RdRp基因如何随着时间的推移而分化，可以更好地了解地球上早期生命是如何进化的。“RdRp应该是最古老的基因之一——它在需要DNA之前就存在了。”该研究的第一作者、俄亥俄州微生物学研究科学家表示。“因此，我们不仅追踪病毒的起源，还在追踪生命的起源。”
总的来说，科学家们说目前暂时发现了大约5500种新的RNA病毒物种，它们属于现有的五个门，以及五个新提出的门，科学家们将其命名为塔拉维里科塔、波米维里科塔、副异种病毒科、瓦莫维里科塔和阿尔蒂维里科塔。科学家们在对话中写道，塔拉病毒门的病毒种类在温带和热带水域尤其丰富，而北极洋的Arctiviricota门的病毒种类丰富。
5000多种新病毒在海洋中被发现2
美国俄亥俄州立大学微生物学家从世界各地收集的海水样本中发现了5000多种新RNA病毒，并将它们归类的门的数量从5种增加到10种。这一有关RNA病毒的新数据宝库扩大了生态研究的可能性，并重塑了人们对这些小而重要的亚微观粒子如何进化的理解。相关研究论文发表在近日的《科学》杂志上。
研究团队收集了海水样本，并通过搜索编码RNA依赖的RNA聚合酶(RdRp)的基因对它们进行了病毒RNA测序。该团队随后使用超级计算机和机器学习算法为RNA病毒建立了系统发育树，共发现了5504种新的海洋RNA病毒，并将已知RNA病毒门的数量从5个增加到10个。
研究人员将新发现的病毒归入五个新提出的门。从地理上绘制这些新序列显示，其中两个新门数量特别丰富。
研究人员相信，新发现的5个病毒门的一个可能是研究人员长期以来一直在寻找的RNA病毒进化中缺失的一环，它将两个已知的RNA病毒分支连接起来，这些分支在复制方式上存在分歧。这一发现填补了病毒进化历史中缺失的部分空白。
研究人员说，更多地了解世界海洋中的病毒多样性和丰度将有助于解释海洋微生物在海洋适应气候变化中的作用。海洋吸收了大气中人类产生的二氧化碳的一半，该小组之前的研究表明，海洋病毒是生物泵上的“旋钮”，影响海洋中碳的储存方式。
此外，这些新病毒不仅有助于科学家更好地了解RNA病毒的进化历史，还有助于了解地球上早期生命的进化。
正如新冠疫情大流行所展现出来的一样，RNA病毒会导致致命的疾病。但RNA病毒在生态系统中也发挥着至关重要的作用，因为它们可以感染广泛的生物体，包括动物、植物和微生物。绘制出这些RNA病毒生活在世界上的`哪个位置有助于阐明它们如何影响驱动地球上的许多生态过程的生物体。该研究还可帮助研究人员随着基因数据库的增长对新病毒进行分类。
5000多种新病毒在海洋中被发现3
据国外媒体报道，依据最新一项研究，全球海洋中现已发现 5500 种新病毒！
目前，研究人员分析了来自世界各地的数万份海水样本，寻找潜在的 RNA 病毒，或者使用 RNA 作为其遗传物质的病毒，例如：新型冠状病毒就是一种 RNA 病毒，与 DNA 病毒相比，这些病毒的研究还不够深入，DNA 病毒是使用 DNA 作为它们的遗传物质。
基于海水样本，研究人员发现大量新病毒，且具有多样性，以至于研究人员提出将 RNA 病毒所需的分类群数量增加一倍，从现有的 5 个门分类增加至 10 个门分类。据悉，门分类是生物学中一个宽泛的分类概念，在界分类之下。
微生物学家发现海洋中有大量多样性新病毒，甚至发现一个完整的门分类病毒 ——Taraviricota，它们分布在全球所有海域，这表明它们在海洋生态中具有重要意义。
对 RNA 病毒的研究通常集中在那些引起疾病的病毒上（人们熟知的 RNA 包括：流感病毒、埃博拉病毒和新冠病毒等），然而它们仅是地球 RNA 病毒中的“冰山一角”，目前我们想在非常大的范围内系统地研究海洋病毒，探索一个之前未曾探索的新领域，揭晓更多的海洋病毒谜团。
该项研究报告发表在 4 月 7 日出版的《科学》杂志上，研究人员分析了来自世界五大洋中 121 个区域的 35000 份海洋样本。研究人员称，他们检测了从浮游生物中提取的基因序列，浮游生物是 RNA 病毒的常见宿主。
通过寻找一种叫做 RdRp 的古老基因，他们锁定了属于 RNA 病毒的序列。RdRp 存在于所有 RNA 病毒中，但其他病毒和细胞中并不存在，最终他们鉴定发现超过 44000 条含有该基因的病毒序列。
但是 RdRp 基因已有数十亿年历史，且进化了许多次，由于该基因的进化可追溯至很久以前，研究人员很难确定基因序列之间的进化关系，因此，研究人员使用机器学习来帮助组织它们。
总体而言，他们确定了大约 5500 种新 RNA 病毒，它们分别属于 5 个现有门分类，以及 5 个新提出的门分类，研究人员将分别命名为：Taraviricota、Pomiviricota、paraxenviricota、Wamoviricota 和 Arctiviricota。其中 Taraviricota 门病毒种类分布在温带和热带水域特别多，而 Arctiviricota 门病毒集中分布在北冰洋海域。
理解 RdRp 基因是如何随着时间变迁而逐渐进化，有助于洞察地球上早期生命是如何完成进化的，RdRp 基因被认为是最古老的生物基因之一，它在生物体需要 DNA 之前就已存在，因此我们不仅是追踪分析病毒的起源，也是在追踪生命的起源！
Ⅷ 什么是德尔塔病毒有什么症状 德尔塔毒株到底有多毒
本以为新冠快要被我们控制住了，没成想新桐裂冠又变异了，新冠病毒的传播能力，之前好比能“打到几个人”，如今的新冠变异病毒--德尔塔毒株可能是“放到一片人”。那新冠变异病毒--德尔塔毒株究竟有多毒？下面，和我一起看看德尔塔病毒相关知识吧。
什么是德尔塔病毒
德尔塔病毒一般指德尔塔（最早在印度发现的变异新冠病毒）
德尔塔（Delta），是新冠病毒变异毒株。最早于2020年10月在印度发现。2021年5月，世卫组织将最早在印度发现的新冠病毒变异毒株B.1.617.2命名为“德尔塔”变体。该变体被确定为印度第二波疫情的驱动因素之一。
2021年6月15日报道，“德尔塔”变体进一步变异衍生出“德尔塔+”或“AY.1”变体。7月2日，世卫组织举行新冠肺炎例行发布会，世卫组织总干事谭德塞表示，德尔塔变异株正在很多国家成为主要流行毒株。德尔塔变异株已在至少98个国家和地区出现且在继续变异和进化。9月15日消息，钟南山等团队首次精确描绘德尔塔传播链，该研究揭示了德尔塔变异株具有潜伏期短、传播速度快、病毒载量高、核酸转阴时间长、更易发展为危重症等特点。
截至2021年9月旦困22日，已有185个国家和地区出现德尔塔变异株感染者。
12月11日国务院联防联控机制新闻发布会通报称，经过国家卫健委病毒学研究结果确定，近期浙江本土病例（包括宁波）与上海、江苏两地疫情病例的病毒基因组序列高度同源，为同一起关联疫情。经过宁波市疾控中心病例标本三代测序，结果为德尔塔变异株（AY.4进化分支）华沙株。
德尔塔病毒感染有什么预兆
德尔塔病毒感染有一些预兆。如果头疼、喉咙干涩、发烧、痰多，软而无力这些症状，可能是感德尔塔病毒的症状，尽快检测。所以我们可以根据这些症状，以及是否去过疫情高危地区，来判断是否有可能感染德尔塔病毒。
德尔塔毒株有多毒？
1、传播速度快：
呈现跨省传播，目前我国至少20个城市有波及；新冠变异病毒Delta毒株已扩散至100个国家左右，是迄今为止发现的最易传播的新冠病毒变异株。
2、传染性强：
广东广州曾出现无接触情况下14秒病毒传播案例；英国公共卫生部发布数据称，英国最近一周报告的Delta确诊病例，比原本的数量增加了46%，目前Delta变种病毒占英国新增病例99%。
德尔塔变异毒株一共有13处突变，可能造成S蛋白结构的改变。有研究数据表明这些突变会影响病毒的传播性，以及被抗体中和的能力。
3、潜伏期短：
钟南山院士表示，德尔塔病毒在身体中的潜伏期比较短，两三天就会发病，甚至有些24小时就发病。有的德尔塔10天之内有5代传播。
4、症状不典型：
德尔塔毒株感染患者早期可能仅表现乏力、嗅觉障碍、轻度肌肉酸痛等症状；这并不像新冠病毒变异前的表现：发热、乏力、干咳，还可能出现咽痒、咽痛、鼻塞、流涕、腹泻、味觉异常、嗅觉消失等症状。
5、治疗时间长：
从目前观察的结果看，新冠变异病毒德尔塔毒株，比起变异前的感染者，治疗周期更长，而且更易发展成重症。
6、密切接触者重新定义：
过去认为，密切接触者是发病前两天，患者家里的人还有同一个办公室的，或者一米之内有共同吃饭、开会等等，这叫密切接触者。
根据德尔塔病毒的特点，对于新冠变异病毒德尔塔毒株的密切接触者的定义做了修改，在同一空间、同一单位、同一建筑、发病前4天和患者相处在一起的，都属于密切接触者。
德尔塔毒株传播方式？
呼吸道飞沫传播：
打喷嚏、咳嗽甚至说话喷溅出来的呼吸道的飞沫携带病毒，会导致跟他近距离接触的人感染，这是最主要的一个方式。
接触污染物传播：
呼吸道飞沫、分泌物，污染了物体表面，病毒可以存活一段时间，其他人用手接触了这个被污染的物体表面，沾染了病毒，接触自己的口、眼、鼻的时候，就会被感染。
气溶胶传播：
在室内，通风不畅的狭小空间，如果有感染者咳嗽、打喷嚏，会形成非常细小的呼吸道分泌物颗粒，可以在空气中悬停，其他人吸入，就可以导致感染，甚至排出病毒的人离开这个空间，在空气中仍然会有病毒存在一定的时间，其他人进入以后会导致感染。
如何做好自我防护？
坚持局迟闭常态化疫情防控措施：科学佩戴口罩，勤洗手，常通风，尽量不去人群密集、空气不流通的场所。自觉遵守防疫措施，公共场所配合做好戴口罩、验码测温、一米线等防控措施。
减少不必要的聚会：不宜举办或参加人员较多的聚餐聚会，避免在密闭空间聚会，活动尽可能简短并注意开窗通风。
积极接种新冠疫苗：疫苗接种是预防疾病最有效的措施。
重要提醒：
当前，我国面临德尔塔和奥密克戎毒株输入疫情的双重挑战。春运即将开始，人员流动和聚集大幅增加，疫情防控形势严峻。发生疫情的地区，要加快筛查、流调、隔离，尽早发现和管控风险人员，尽快阻断传播途径；推进落实区域协查，严防疫情外溢扩散。要千方百计保障群众的物资供应和基本就医需求，确保群众诉求能得到及时回应和解决。
Ⅸ mNGS在感染性疾病诊断中的意义
曾经给自己的科普围了个篱笆，就是不超过感染病、微生物和抗生素，因为我本人的见识实在是捉襟见肘，一旦迈出了这道篱笆墙就举步维艰，但是现在测序技术来势汹汹，实在是没有办法装着看不见。
20世纪90年代。首次采用一代测序技术完成了流感嗜血杆基因组全序列测定。这是人类历史上第一次运用测序技术，后来十几年这项技术仿佛被封印一般。
一个人被杀头前，据说是不害怕的，还有会说一些“十八年后还是一条好汉”之类的豪言壮语。果不其然在18年后的2008年，澳大利亚3例接受了同一名捐助者不同器官的移植受者，与捐献者先后死于脑病相关的疾病。传统病原学、免疫学、分子生物学手段均未检出病原。供体和受体的部分组织样本经下一代测序技术(next-generation sequencing NGS)分析，均提示存在沙粒病毒的感染，后经其他手段加以证实。由此开启了NGS在感染性疾病病原检测应用的先河。但是发扬光大的是下一代测序技术宏基因组测序技术mNGS。
mNGS就是对待测标本中的全部核酸成分进行“鸟枪法”大规模平行测序，再通过对测序数据的生物信息学分析，获取标本中完整的核酸序列信息。进而明确其中微生物的种类、数量等构成信息，及其耐药、毒力等特征或机制信息。mNGS无需靶向扩增。不需预知病原基因组序列信息，因而能够检测包括细菌、病毒、真菌、寄生虫等在内的所有病原，这就像打仗时的地毯式轰炸。地毯式轰炸浪费的是弹药，地毯式测序浪费的是钞票，一次mNGS收费动辄三千五千，且不入医保。
三五千块钱，买的只是一个病原微生物名字，短的3个字，长的也不超过10个厅亏扮字，用一字千金来形容也不过分了，既然花费患者这么多的钱，医生也从中或多或少捞取了一点油水(开单费500上下)，所以也有必要好好学习测序的一些理论，更好地来解读这个报告。
概念这个东西比较乏味，不适宜在科普文里大书特书。一旦大书特书，读者就不愿意看，读者不愿意看的科普文，你也就是科普了一个寂寞。这里重点就说一个相对丰度，这个指标作为判断何为感染病原菌的重要指标受到以下因素显着影响:(1)病原菌基因组大小的差异。(2)细胞壁成分对核酸提取效率影响巨大，检测流程对难裂解病原(如真菌、结核杆菌等)的处理流程及其质量高低对不同病原核酸的相对丰度也有很大干扰。(3)建库质量同样影响样本中各病空橡原核酸的相对丰度，导致检出结果与实际总量不一致。
地毯式轰炸的效果，因为地形的不同有着截然的区别。如果对非洲大草原进行轰炸。基本上那些狮于斑马长颈鹿没有一个跑得了，如果你对复杂的荒山野岭进行轰炸，那么穿山甲，黄鼠狼之类的就能死里逃生，同样mNGS对不同部位感染病原菌的检测效能表现出巨大差异:对呼吸道标本，mNGS能够检出培养阳性标本中81.7%-94.8%，对于中枢神经系统感染，mNGS仅能够检出22.4%的常规检测方法(包括涂片、培养以及血清免疫学检测)无法明确的病原菌，但却漏检了44.8%的常规检测方法可以明确的病原菌。因此在常见细菌性病原(特别是可培养病原)的检测敏感性上未必拥有很大的优势。
主要的原因就是控制报告时长和检测成本所致的有限测序深度，以及宿主核酸、污染核酸对检测和结果分析过程的干扰等因素，会使NGS检测常见病原的敏感性甚至低于常规培养方法。相比于努力提高常规检验手段的功效(例如高质量的直接涂片染色镜检、免疫学检测等)，短时间内提升NGS的作用对多数临床微生物实验室恐怕更难实现。
另外一个更扎心的消息是，我们一字千金买来的这个报告上的所谓病原，可能并不是真正的病原菌，反而误导了治疗。这就好比英雄们用生命和鲜血换来的情报，竟然是一条假情报，反而让我们的部队落入了敌人的包围圈，办法是有的，就是利用测序得到的生物信息分析病原菌的黏附、侵袭力、免疫逃避和毒素产生等与致病能力相关的基因特征。利用生物信息学技术分析临床标本的完整序列数据。结合医学微生物学、扮灶免疫学和感染学等方面的理论，推测不同病原菌在感染发生发展过程中所发挥的作用，帮助区分正常菌群、定植，感染等情况，这就需要医生既是微生物学家，免疫学家还是生物学家，据我所知生物学家是绝不屑来做医生的，他们都忙研发各种疫苗赚大钱。
这就是我要说的mNGS在感染病诊断中的意义，除了以上的缺点，其他都是优点。
Ⅹ 今年的疫情从哪里引起
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各地本轮疫情来源都是哪里？涉及外省输入、境外输入等
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2022-09-02 16:02北京人民日报直属健康媒体 健康时报在移动端的品牌和内容延伸,优质社会领域创作者
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（健康时报记者 孔天骄）据国家卫健委最新通报，截至9月1日24时，31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团现有确诊病例6188例。当前各省区市本轮疫情有哪些特点？
健康时报记者根据各地官方通报，本轮疫情中，像广东广州、黑龙江哈尔滨等涉及家庭聚集性传播，山东济宁、辽宁沈阳等当地的疫情是由外省疫情输入，此外还有一部分是来自境外输入，也有一些源头尚未清晰。
8月24日，在重庆市居民有序排队进行核酸检测。新华社记者黄伟摄
多地涉及家庭聚集性传播：广东广州、黑龙江哈尔滨、广东深圳、西藏
9月1日，广东省广州市疾病预防控制中心党委书记、新闻发言人张周斌在发布会上通报，根据目前流调溯源的结果显示，传播链条非常清晰，流调显示现在的16例感染者，绝大多数是在游泳池共同暴露感染，或是因为游泳池暴露之后，造成家庭聚集性的一个传播。此次病例是27日发病，短短5天，已经传播到了第4代。
8月29日，在黑龙江省哈尔滨市第56场疫情防控专场新闻发布会上，市疾控中心副主任王艳介绍，8月27日，该市新增报告本土新冠肺炎阳性感染者，首例报告病例为出兆岩唯现症状后主动就诊发现。经基因测序和流调溯源显示，此次疫情相关5例感染者标本病毒全基因组序列均属于奥密克戎变异毒株BA.5.2分支；疫情呈现家庭、集体单位和就餐场所聚集性。
8月31日，广东深圳福田区委宣传部微信号“幸福福田”发布消息称，近日，深圳市福田区华星舞蹈艺术中心发生聚集性疫情，导致疫情爆发式扩散传播。
8月8日，西藏自治区阿里地区和拉萨市分别发布公告，8月7日，阿里地区普兰县在常规核酸检测中，发现4名外来旅游人员新冠病毒核酸检测阳性，拉萨市在重点人员核酸检测中发现18名新冠病毒核酸检测初筛阳性人员。西藏本轮疫情呈现怎样特点？8月9日，拉萨市卫健委党组成员、副主任严枣罩周忠在发布会上表示，一是此次疫情感染毒株系奥密克戎BA.2.76。二是流行病学调查和环保采样结果提示此次疫情为输入性。三是家庭聚集发病。
西藏本轮疫情从何处来，由何引起？根据8月9日举行的拉萨市疫情防控新闻发布会披露的详细信息显示。拉萨首筛确诊病例旦某，女，3岁，为拉萨市城关区居民。8月4日，随其母亲、外婆乘C924次列车从日喀则来拉萨，其他7名关联人员先后乘C924、C894次火车从日喀则来拉萨，共同居住在城关区某社区自建房，为去世亲属吊唁，与另外8名拉萨关联人员同住在自建房中，由于人员聚集造成疫情扩散传播。
外省（市）输入引起的疫情：山东济宁、辽宁沈阳、重庆、浙江温州等
9月1日，山东省济宁市召开的新冠肺炎疫情防控工作新闻发布会指出，8月31日凌晨，鱼台县在重点人员筛查中发现1名核酸检测阳性人员。根据溯源情况和专家初步分析，本轮疫情与外省返鲁人员有关。经排查，目前全市17名感染者均为28日婚宴同桌或同房间就餐人员，疫情链条相对清晰，风险总体可控。
8月24日，辽宁省沈阳市新冠疫情防控新闻发布会提到，沈阳市疾控中心第一时间开展阳性感染者病毒全基因组测序，确认此次病毒属于奥密克戎变异株BA.2.76进化分支，与西藏返辽人员感染毒株高度同源。根据大数据排查与流行病学调查初步确认为与大连“0819”疫情感染者在高速公路服务区因同时空暴露感染引起族培的输入性疫情。
8月24日，重庆市居民在采样点有序排队进行核酸检测。新华社记者黄伟摄
8月19日，重庆市卫生健康委副主任李畔在重庆市新冠肺炎疫情防控工作新闻发布会上介绍，对于“8·16”沙坪坝疫情，市疾控中心已完成的3例感染者新冠病毒基因测序结果显示为奥密克戎变异株（BA.2.76进化分支），与市外疫情病毒基因组序列高度同源，是一起市外输入的感染者引起的本土聚集性疫情。根据市疾控中心对本土病例新冠病毒基因组测序结果，“8·16”沙坪坝疫情、“8·22”九龙坡疫情的病例和长寿疫情、璧山疫情的病例，均在同一传播链上。
8月19日，北京市疾病预防控制中心副主任刘晓峰在北京市新冠肺炎疫情防控工作新闻发布会上介绍，8月15日以来，北京市累计报告12例感染者，经流行病学调查和基因测序，初步判定其中4例感染者是在进返京途中乘坐火车而感染。由于乘坐时间较长，人流量大，乘车环境相对密闭，增大了感染及传播风险。
8月18日浙江温州新冠疫情防控新闻发布会提到，温州市“8·12省外航班输入性疫情”由BA.2.76变异株引起。在温州市“8·12省外航班输入性疫情”中，一架飞机上3名阳性感染者传染了36名同航班人员。
8月7日，浙江省金华市卫生健康委副主任、疾控中心主任王凤英在金华市新冠肺炎疫情防控工作新闻发布会上介绍，义乌“8·2”疫情于7月29日晚上由省外输入，8月2日下午接到外省密接协查通报后发现。经基因测序分析，引起本起疫情的病毒为奥密克戎新变异株（BA.5.2进化分支）。流行病学调查和基因测序均表明，该疫情经有省外旅居史的首发病例输入，病毒基因序列与省外疫情高度同源。
有些地方初步认定为境外输入引起：新疆、海南三亚
8月4日，海南省三亚市新冠肺炎疫情防控新闻发布会提到，经流行病学调查和病毒基因测序分析，发现引起三亚“08·01”疫情的是新冠病毒奥密克戎变异株BA.5.1.3。专家综合分析认为，此轮疫情为境外输入引起，崖州中心渔港是此次疫情的始发输入地，通过渔民与境外渔民交易渔获时输入的可能性较大。感染者多与渔港、渔船、渔民和渔市相关，传播链以崖州中心渔港为中心呈放射状。
8月8日，新疆维吾尔自治区人民政府新闻办公室召开新冠肺炎疫情和疫情防控工作情况新闻发布会。会上，自治区卫健委副主任崔燕通报了本轮自治区疫情及应急处置情况。自治区疾控中心对本次疫情部分病毒基因组全基因组序列分析比对证实，本次疫情感染者感染病毒属于奥密克戎变异株BA.5.2进化分支，与国内新冠病毒基因组序列数据库中奥密克戎（BA.5.2）变异株均不同源，初步认定病毒系从境外传入。
多地源头尚不明确，感染来源仍在流调溯源中：天津、陕西
8月28日，在天津市新冠肺炎疫情防控工作新闻发布会上，市疾控中心主任、市卫生健康委副主任韩金艳介绍。市疾病预防控制中心获得西青区、津南区、蓟州区送检的0827疫情相关4例感染者标本病毒全基因组序列，经分析均属于奥密克戎变异毒株（VOC/Omicron，BA.5.2.1分支），感染者病毒全基因组序列，经中国疾病预防控制中心分析比对，与目前境外输入和国内本土病例序列均不相同。流行病学调查显示，目前报告的“0827”疫情相关感染者间流行病学关联清晰，初步考虑西青区、津南区、蓟州区、河西区、南开区、河北区疫情基本属于同一传播链。鉴于感染源头尚不明确，不排除发现更多的续发病例，进一步流调溯源工作仍在紧张进行中。
8月21日，陕西疾控专家张义接受了西部网·陕西头条记者专访时表示，自8月15日西安市在全员核酸筛查中报告阳性感染者以来，陕西多个地市相继发生本土疫情，病例轨迹涉及商场、游乐场、餐馆、医院、超市等人群密集场所。病例中的感染者基因测序分别为奥密克戎变异株BA.2.76分支和奥密克戎变异株BA.5.1.3分支。其中奥密克戎变异株BA.2.76分支所引发的疫情，感染来源清晰，传播链条清晰；奥密克戎变异株BA.5.1.3分支所引发的疫情，传播链条虽然清晰，但是感染来源仍在流调溯源中。